Analiza polimorfizma duljine restrikcijskog fragmenta
Široka upotreba različitih restrikcijskih endonukleaza za analizu kromosomske DNA otkrila je veliku varijabilnost u ljudskom genomu.Čak i male promjene u kodnim i regulatornim područjima strukturnih gena mogu dovesti do prestanka sinteze određenog proteina ili gubitka njegove funkcije u ljudskom tijelu, što obično utječe na fenotip bolesnika. Međutim, približno 90% ljudskog genoma sastoji se od nekodirajućih sekvenci koje su više promjenjive i sadrže mnoge tzv. Neutralne mutacije ili polimorfizme i nemaju fenotipski izraz. Takva polimorfna mjesta( lokusi) koriste se u dijagnostici nasljednih bolesti kao genetičkih markera. Polimorfni lokusi prisutni su u svim kromosomima i povezani su na specifično mjesto
gena. Utvrdivši lokalizaciju polimorfnog lokusa moguće je utvrditi s kojim je genom povezana mutacija koja je uzrokovala bolest kod pacijenta.
Kako bi se izolirale polimorfne regije DNK, koriste se bakterijski enzimi - restrikcijski enzimi čiji proizvod su restrikcijska mjesta. Spontane mutacije koje se javljaju u polimorfnim mjestima čine ih otporne ili, obrnuto, osjetljive na djelovanje specifičnog restrikcijskog enzima.
Mutacijska varijabilnost u restrikcijskim mjestima može se otkriti promjenom duljine ograničenih DNA fragmenata, odvajanjem pomoću elektroforeze i kasnije hibridizacije s specifičnim DNA probama. U nedostatku ograničenja na polimorfnom mjestu, na elektroforemrama će se detektirati jedan veliki fragment, a ako je prisutan, bit će prisutan manji fragment. Prisutnost ili odsutnost restrikcijskog mjesta u identičnim lokusima homolognih kromosoma omogućava pouzdano obilježavanje mutanta i normalnog gena te njegovo prenošenje na potomstvo. Dakle, u istraživanju DNA pacijenata, u oba kromosoma od kojih je restrikcijsko mjesto prisutno u polimorfnom području, na elektroforezi će se otkriti kratki fragmenti DNA.Kod bolesnika koji su homozigotni za mutaciju koja modificira polimorfno restrikcijsko mjesto, otkriveni su fragmenti veće duljine, a u heterozigotnim fragmentima će se identificirati kratki i dugački fragmenti.